Alright. I think I can finally do this, but only in a broad sense and my favourites change almost daily.
All in a rough order.
Solo Piano.
Including groups:
1. Piano Sonata.
2. Variations on Weinen, Klagen, Sorgen, Zagen.
3. Années de pèlerinage. Deuxième année; Italie.
4. Harmonies poétiques et religieuses.
5. Douze études d'exécution transcendante.Ballade No. 2.
6. Années de pèlerinage. Première année; Suisse.
7. Ballade No. 2.
8. Deux épisodes d'apres le Faust de Lenau.
9. Réminiscences de Norma, Réminiscences de Don Juan.
10. Trois Odes Funèbres.
11. Années de pèlerinage. Troisième année.
12. Deux légendes.
Single pieces
1. Piano Sonata.
2. Variations on Weinen, Klagen, Sorgen, Zagen.
3. Pensée des morts.
4. Après une lecture de Dante: Fantasia Quasi Sonata.
5. Vallée d'Obermann.
6. Ballade No. 2.
7. Chasse-Neige.
8. Mephisto Waltz No. 1.
9. Réminiscences de Norma.
10. Sonetto 104 del Petrarca.
11. Réminiscences de Don Juan.
12. Le Triomphe funèbre du Tasse.
Orchestra.
1. Eine Faust-Symphonie.
2. Eine Symphonie zu Dante's Divina Commedia.
3. Les préludes.
4. Deux épisodes d'apres le Faust de Lenau.
5. Orpheus.
6. Trois Odes Funèbres.
7. Héroïde funèbre.
8. Hungaria.
9. Tasso, Lamento e Trionfo.
10. Von der Wiege bis zum Grabe.
11. Hunnenschlacht.
12. Ce qu'on entend sur la montagne.
Choral
1. Christus.
2. Missa solennis zur Einweihung der Basilika in Gran.
3. Via Crucis.
4. Die Glocken des Strassburger Münsters.
5. Hungarian Coronation Mass.
6. Psalm 13.
7. Psalm 137.
8. Die heilige Cäcilia.
9. The Legend of St. Elisabeth.
10. Ave verum corpus.
11. An die Künstler.
12. Missa choralis, organo concinente.
Other (he wrote many (supposedly very good) lieder, but I don't know them well enough to give even a somewhat accurate list).
1. Piano Concerto No. 2.
2. Totentanz.
3. Piano Concerto No. 1.
4. Fantasy and Fugue on the chorale Ad nos, ad salutarem undam.
5. Fantasie über ungarische Volksmelodien.
6. Malédiction.
Overall.
1. Piano Sonata.
2. Variations on Weinen, Klagen, Sorgen, Zagen.
3. Années de pèlerinage. Deuxième année; Italie.
4. Eine Faust-Symphonie.
5. Harmonies poétiques et religieuses.
6. Eine Symphonie zu Dante's Divina Commedia.
7. Christus.
8. Douze études d'exécution transcendante.
9. Années de pèlerinage. Première année; Suisse.
10. Missa solennis zur Einweihung der Basilika in Gran.
11. Les préludes.
12. Ballade No. 2.
13. Deux épisodes d'apres le Faust de Lenau.
14. Piano Concerto No. 2.
15. Totentanz.
16. Réminiscences de Norma.
17. Trois Odes Funèbres.
18. Orpheus.
19. Années de pèlerinage. Troisième année.
20. Deux légendes.
21. Réminiscences de Don Juan.
22. La lugubre gondola II.
23. Piano Concerto No. 1.
24. Héroïde funèbre.
25. Via Crucis.
Hoorah.